Wer mit Antibiotika krankmachende Bakterien beseitigt hat, hat gleichzeitig seine gesunde Darmflora (Darm-Mikrobiom oder -Mikrobiota) gestört. Regelmäßig führt das zu weiteren Beschwerden, wie Blähungen, Durchfall, Unverträglichkeiten oder Schmerzen. Probiotika, also lebensfähige Bakterienstämme, die sich im Darm ansiedeln, können dem vorbeugen. Sie finden sich u.a. in Nahrungsergänzungsmitteln, in Roter Beete und Sauerkraut. Auch einige Hefepräparate sollen Nebenwirkungen von Antibiotika begrenzen.